Leczenie farmakologiczne jest jednym z najistotniejszych sposobów terapii chorób reumatycznych. W niektórych chorobach obowiązuje stosowanie jednego z leków uznanych w danych jednostkach chorobowych za podstawowe, np. w reumatoidalnym zapaleniu stawów — preparatów złota, Cuprenilu, Arechiny, Enerbolu, a w gorączce reumatycznej — penicyliny, która zapobiega skutecznie nawrotom rzutów tej choroby.
Środki przeciwbólowe nie tylko uwalniają chorego od przykrości, jaką jest ból, ale zapobiegają też napięciom mięśniowym wywoływanym przez ból na drodze odruchowej, nie rejestrowanej przez naszą świadomość. Napięcia te wzmagając ból utrzymują błędne koło: „ból – napięcie – ból – napięcie” itd. W stanach tych pomocne jest również stosowanie środków rozluźniających napięcie mięśniowe, powstające zwłaszcza w dyskopatiach i innych zespołach bólowych z lędźwiowego lub szyjnego odcinka kręgosłupa.
Leki przeciwzapalne oraz leki tłumiące nadmierną odczynowość organizmu w zależności od rodzaju choroby są stosowane okresowo bądź niemal stale. Ponieważ mogą one wywierać drażniący wpływ na błonę śluzową żołądka, zwłaszcza gdy współistnieje choroba wrzodowa żołądka czy dwunastnicy, powinno się wówczas jednocześnie stosować środki osłaniające, takie jak wywar siemienia lnianego, mleko bądź specjalne leki działające ochronnie na błonę śluzową żołądka, np. Gelatum aluminii phosphorici, Linal, Aluphos.
Leki przeciwbakteryjne mają zastosowanie w zasadzie tylko w gorączce reumatycznej. Zwalczanie zakażenia paciorkowcowego za pomocą penicyliny jest w tym przypadku koniecznym warunkiem leczenia i skutecznym sposobem zapobiegania nawrotom tej choroby. We wszystkich innych chorobach reumatycznych zastosowanie antybiotyków lub innych środków przeciwbakteryjnych może wynikać jedynie ze współistnienia jakiegoś procesu zakaźnego. Choroby reumatyczne (poza gorączką reumatyczną) nie są następstwem znanych zakażeń i leczenie ich antybiotykami lub innymi środkami zwalczającymi zakażenie jest nieskuteczne.